An der Tierärztlichen Hochschule Berlin beschlossen im Jahr 1895 einige katholische Studenten unter ihnen mehrere Mitglieder der K.D.St.V. Saxo-Silesia aus Hannover eine eigene konfessionelle Verbindung zu gründen. Veterinärsstudenten konnten den bestehenden CV-Verbindungen nicht beitreten, da für sie an den Hochschulen erleichterte Aufnahmebedingungen bestanden, die dem Maturitätsprinzip des Cartellverbandes widersprachen. Im folgenden wurden die Statuten ausgearbeitet, die Farben Moosgrün-Weiß-Rosa und der Name Makaria gewählt.

Die Gründung einer katholischen Verbindung stellte sich jedoch recht problematisch dar, und das Rektorat lehnte das erste Zulassungsgesuch vom 6. Juli 1895 mit der Begründung ab, es gäbe schon genügend Korporationen an der Hochschule. Nachdem auch ein weiterer Versuch im Oktober fehlgeschlagen war, erreichten Justizrat Dr. Felix Porsch (Gu) und Pfr. Wilhelm Frank (Wf), Abgeordnete des Preußischen Landtages, schließlich doch noch eine Genehmigung. Allerdings war jede religiöse Bezeichnung im Verbindungsnamen untersagt worden, so daß sich Makaria als Akademische Verbindung am 24. Februar 1896 konstituierte.
Auch in Anspielung auf die schwierige Gründung wählte man als Wahlspruch „In fide firmitas“, was so viel heißt wie “In treue fest”. Der Gründungskommers fand kurz darauf unter der Beteiligung der katholischen, farbentragenden Verbindungen Berlins und der Saxo-Silesia statt. Die engen Beziehungen nach Hannover zeigten sich auch im alsbald gegründeten Cartell Katholischer Verbindungen (CKV), dem unter anderen Makaria und Saxo-Silesia angehörten.

Als die Aufnahmebedingungen der Tierärztlichen Hochschulen geändert wurden, beantragte Makaria 1905 als Vorortsverbindung des CKV die Aufnahme in den Cartellverband. Am 24. August 1907 stimmte die 43. Cartellversammlung dem Antrag zu. Nachdem damit die äußeren Strukturen gefestigt waren, wuchs die Aktivitas bis 1914 ständig an, und die Verbindung erhielt eine eigene Etage in der Linienstraße 111. Im Ersten Weltkrieg fanden keine Veranstaltungen statt, da alle Aktiven Militärdienst leisten mußten. Drei Makaren fielen im Krieg.
Nur langsam entwickelte sich unter schwierigen Umständen ein neues Verbindungsleben, so daß die Farben erst 1919/20 wieder in der Öffentlichkeit getragen wurden. Es folgte jedoch bald eine Blütezeit der Korporationen und schon 1926 konnte das 30. Stiftungsfest in großem Rahmen begangen werden. In den 30er Jahren übernahm auch Makaria unter dem Druck des Nationalsozialismus das Führerprinzip. Die Verbindung bestand auch nach der Auflösung des Cartellverbandes noch bis 1936, die Altherrenschaft bezeichnete sich danach als Freundschaftsbund alter Makaren. Nach dem Ende des Zweiten Weltkriegs, der zehn Bundesbrüdern das Leben kostete, mußte sich Makaria einen neuen Hochschulort suchen. Aus politischen Gründen waren Verbindungen im Ostteil Berlins, in dem die Tierärztliche Hochschule lag, verboten.

Als letzte Verbindung des ACV wurde die KDStV Makaria am 15. Juni 1953 auf dem damaligen Haus der Franconia in Aachen wiederbegründet. Da es in der Kaiserstadt nur wenige Anknüpfungspunkte gab, war man auf die personelle Unterstützung der Marchia und der Franconia angewiesen. Die Verbindung bezog 1956 ein angemietetes Haus in der Vaalser Straße 100, das neben einigen Schlafräumen auch Platz für kleinere Veranstaltungen bot. Dennoch war der Wunsch groß, in ein eigenes Heim zu ziehen, das der ständig wachsenden Aktivitas angemessen war. Ein Neubau erwies sich als zu teuer und so erwarb Makaria 1967 das Haus in der Kruppstraße 12 von der K.D.St.V. Saxo-Thuringia, die ihrerseits nach Bochum zog. Allerdings reichte die zusätzliche Attraktivität eigener Räume nicht aus, um in den folgenden Jahren die Verluste im Ansehen der Studentenverbindungen auszugleichen. Im Zuge der Studentenbewegung kam es auch bei Makaria zu schwerwiegenden Diskussionen über das Farbentragen und die Konfessionsfrage. Nach einigen Jahren war die Aktivitas vollständig zerstritten und konnte keinen Nachwuchs mehr finden, so dass sich 1977 die Altherrenschaft gezwungen sah, die Aktivitas aufzulösen. Unter großem Einsatz der verbliebenen Bundesbrüder wurde direkt wieder ein Neuanfang unter den traditionellen Formen gewagt und in den nächsten Jahren gewann die Verbindung ihre alte Stärke wieder.Dies konnte sie vor allem bei ihrem 100. Stiftungsfest im Mai 1996 unter Beweis stellen. Das Fest fand seinen Höhepunkt im glanzvollen Kommers im Aachener Krönungssaal.

Im Jahr 2000 sowie im Jahr 2013 stellte Makaria zwei Chargen des Vorortes Aachen, 2003 wurde das 50. Wiederbegründungsfest gebührend gefeiert.